一、職能調整
　　國務院經濟體制改革辦公室要根據黨中央關于建立社會主義市場經濟體制的戰略部署，充分體現綜合性、全局性、超前性的特點，加強對改革開放工作的調查研究、咨詢建議、方案論證、跟蹤反饋的職能，不再承擔各部門體制改革方案制定和指導改革方案的具體實施工作，不再負責指導、協調各類改革開放的試點，不再組織制訂有關經濟法規。
　　原國家經濟體制改革委員會承擔的組織制訂企業綜合性經濟法規工作，分別移交給國務院法制辦公室、國家經濟貿易委員會及其他部門。
　　原國家經濟體制改革委員會承擔的組織現代企業制度試點以及審批國務院各部門直屬企業改制為股份有限公司工作，移交給國家經濟貿易委員會。
　　原國家經濟體制改革委員會承擔的指導和協調地區各類綜合配套改革試點工作，下放給地方政府。
　　原國務院住房制度改革領導小組撤銷后，其工作由建設部承擔。
　　原國務院特區辦公室承擔的中國－－新加坡兩國政府蘇州工業園區聯合協調理事會的中方組織、聯絡和協調工作，移交給對外貿易經濟合作部負責。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，國務院經濟體制改革辦公室的主要職責是：
　　（一）根據國務院的統一部署，組織有關部門和研究機構對重大經濟體制改革和對外開放的方案進行研究和論證，為國務院決策提供建議和咨詢。
　　（二）根據國務院領導同志授權，辦理有關專項改革開放方案實施中的銜接工作，跟蹤調查改革開放方案的執行情況，及時提出對策建議。
　　（三）調查研究改革開放重大方針、政策的實施情況，及時總結經驗，分析研究新情況、新問題。對關系重大的深層次和全局性問題進行超前研究。
　　（四）調查研究經濟特區和開放地區建設發展中涉及全局性的政策性問題，總結經驗，研究涉外經濟體制改革中的重大問題。
　　（五）開展改革開放方面的國際交流與合作，組織開展國際經濟研究和中外體制比較研究，跟蹤研究國際體制轉軌的經驗。
　　（六）承辦國務院交辦的重大研究課題和其他事項，承擔國家經濟體制改革委員會的具體工作。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國務院經濟體制改革辦公室設６個職能司：
　　（一）秘書行政司（人事司）
　　負責辦理機關秘書、文電、檔案、信息、人事、保密、保衛、財務、房產等行政工作和機關黨委的日常工作。負責直屬事業單位的管理工作。
　　（二）綜合調研司
　　起草國務院經濟體制改革辦公室的綜合性文稿，牽頭研究經濟體制改革中的綜合性、全局性問題，組織對中長期改革方案的跟蹤調查，研究改革開放的理論和經濟體制改革與科技、教育體制改革的銜接問題，研究城鄉經濟、地區經濟協調發展涉及的體制問題。
　　（三）宏觀體制司
　　研究論證計劃投資、財政稅收、金融外匯、收入分配、就業保障等重大體制改革問題以及相應的配套措施；進行宏觀經濟管理體制重點問題研究和經濟形勢分析，提出對策建議。
　　（四）產業與市場體制司
　　研究所有制結構調整的政策措施，研究政府管理經濟方式和產業結構調整的重大改革問題。調查研究國民經濟市場化的重大問題，研究論證糧棉流通體制、住宅市場和各類要素市場的改革問題，跟蹤研究建立市場體系過程中的實際問題，提出政策建議。
　　（五）經濟特區和開放司
　　研究論證國務院對外開放的重大方針政策，調查研究經濟特區和開放地區提高開放水平以及中西部地區擴大開放工作中的重大方針政策問題，總結對外開放實踐的經驗。
　　（六）國際體制比較司（外事司）
　　組織社會力量進行國際經濟研究和中外經濟體制比較研究，調查研究我國涉外經濟體制改革中的重大問題，組織、推動有關改革開放的國際合作與交流事宜，辦理有關外事業務工作。
　　機關黨委。負責機關和在京直屬單位的黨群工作，辦事機構設在秘書行政司。

　四、人員編制
　　國務院經濟體制改革辦公室機關行政編制為８５名。其中：主任１名，副主任４名，司局級領導職數２３名（含秘書長１名和機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。