一、職能調整
　　按照國家醫藥管理體制改革的總體規劃，國家中醫藥管理局應集中力量加強中醫藥科技研究和人才培養，指導和管理各類（包括個體）中醫醫療保健機構，促進中醫中藥結合與中西醫結合，提高中醫醫療保健質量，振興中醫藥事業，推動中醫藥科學的國際傳播。
　　（一）劃出的職能。
　　１．將中藥生產的行業管理職能，交給國家經濟貿易委員會。
　　２．將中藥監督管理的職能，交給國家藥品監督管理局。
　　（二）轉變的職能。
　　中醫醫院評審、教育質量檢查、一般科技成果的鑒定與推廣等事務性工作，授權直屬單位或委托社會中介組織承辦。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，國家中醫藥管理局的主要職責是：
　　（一）依據國家衛生、藥品的有關政策和法律法規，研究擬定中醫、中醫中藥結合、中西醫結合以及民族醫療醫藥的方針、政策和發展戰略；組織起草有關法律、法規并監督執行。
　　（二）根據各類衛生技術準則和中醫藥自身特點，擬定中醫醫療、保健、中藥、護理等有關人員的技術職務評定標準和醫療、保健、護理等人員執業資格標準并監督實施；參加制訂國家基本藥物目錄和執業中藥師資格標準。
　　（三）規劃、指導和協調中醫醫療、科研、教學機構的結構布局及其運行機制的改革；擬定各類中醫醫療、保健等機構管理規范和技術標準并監督執行。
　　（四）對中醫醫療、預防、保健、康復、護理及臨床用藥等進行監督和業務指導；依據有關規定在中醫行業推行醫藥人員執業資格制度。
　　（五）研究和指導中西醫結合工作，擬定有關管理規范和技術標準；監督和協調管理中西醫結合的醫療、研究機構。
　　（六）研究和指導藏醫、蒙醫、維醫等各民族醫療醫藥工作；組織各民族醫療醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高；擬定和逐步完善相關的制度規范和技術標準；監督和協調管理各民族醫療、醫藥機構。
　　（七）擬定和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，加強重點實驗室建設；管理國家重大中醫藥科研項目，組織重大中醫藥科技成果的獎勵、推廣和保密工作。
　　（八）在國家教育方針指導下，組織擬定和實施中醫藥教育發展規劃，加強中醫藥人才培養，注重中醫藥師承教育；對中醫藥教育質量進行監督和業務指導并在教育及實踐中提高人才素質和專業水平。
　　（九）組織擬定中醫藥人員職業道德規范，倡導并監督醫德醫風建設，加強敬業愛崗宣傳，提高中醫行業人員思想道德素質和醫療保健服務質量。
　　（十）指導與協調中醫藥對外及香港特別行政區和澳門、臺灣地區的學術交流、人才培養和技術合作，推進中醫藥科學的國際傳播。
　　（十一）按規定權限負責局機關及直屬單位的有關辦公事務、人事管理和黨群工作；聯系相關中醫藥社會團體。
　　（十二）承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國家中醫藥管理局設５個職能司（室）：
　　（一）辦公室（財務司）
　　協助局領導組織協調機關日常政務和督促機關各部門的業務工作；負責會議、秘書、文電、檔案、保密、信訪等日常事務；承辦機關財務、保衛、后勤等行政事宜；承辦國家扶持中醫專項資金的劃撥事宜；管理直屬單位財務、基建和國有資產等；聯系有關中醫藥社會團體；承辦機關黨委的日常工作。
　　（二）人事與政策法規司（人事司）
　　根據國家衛生、藥品的有關政策和法律法規，研究提出中醫行業（包括中醫中藥結合、中西醫結合、民族醫療醫藥）發展戰略和方針、政策，組織起草有關法律、法規并監督實施；根據各類衛生技術準則，結合中醫藥科學自身特點，擬定與完善中醫醫療、保健、中藥、護理等有關人員的技術職務評定標準和醫療、保健、護理等人員執業資格標準并監督實施，參與制訂執業中藥師資格標準；規劃并指導和協調中醫醫療、科研、教學、中西醫結合、民族醫療醫藥機構的結合布局及擬定管理規范；組織中醫藥重大理論或實際問題的調查研究和信息服務；承辦有關改革、醫德醫風建設等宣傳工作。
　　按干部管理權限負責局機關及直屬單位的人事、勞動工資、機構編制的管理工作和離退休干部服務工作。
　　（三）醫政司
　　研究并組織實施在國家醫療保障制度改革、區域衛生規劃、社區衛生服務、農村合作醫療等總體部署中中醫行業應該承擔的任務；擬定中醫藥防治重大疾病規劃，參加制訂國家基本藥物目錄；組織擬定和實施中醫醫療、預防、保健、康復、護理及臨床用藥等的管理規范和技術標準；監督管理各類中醫、中西醫結合、民族醫療機構，對其他醫療機構的中醫業務進行指導，推行醫藥人員執業資格制度；研究和指導藏、蒙、維等各民族醫療醫藥工作，組織各民族醫療醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高，擬定和逐步完善相應的規范和標準；監督管理按照中醫理論研制的藥膳及保健品。
　　（四）科技教育司
　　擬定并組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃和中醫中藥結合、中西醫結合研究方向及措施辦法；指導與協調中醫（藥）科研機構和重點實驗室的建設；充分利用現代科學和先進技術，組織中醫（藥）重大科研課題的協作攻關、重要中藥研制及科技成果的鑒定、獎勵與推廣；開展中醫（藥）學術交流與科技合作。
　　組織擬定和實施中醫藥人才高等教育、職業技術教育、成人教育、師承教育等的發展規劃，監督教育質量，監督指導中醫藥專業技術人員的水平考試。
　　（五）國際合作司
　　規劃、指導中醫藥對外及香港特別行政區和澳門、臺灣地區的學術交流、人才培養，配合有關部門實施國際中醫藥經濟、技術合作，推動中醫藥科學的國際傳播；研究與組織中醫藥與各國傳統醫藥的合作交流；承辦局機關的外事工作。
　　機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作，辦事機構設在辦公室。

　四、人員編制
　　國家中醫藥管理局機關行政編制為７１名。其中：局長１名，副局長３名，正副司長職數１８名（含機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。